Celiakie je autoimunitní onemocnění, které postihuje sliznice tenkého střeva, proto mezi první příznaky patří potíže spojené se zažívacím traktem. Nemocný může trpět průjmy či naopak zácpami, bolestmi břicha a plynatostí. Právě plynatost způsobuje typické vyduté břicho u dětí. Změny lze pozorovat i u stolice, v níž je zvýšené množství tuků a zbytků nestrávených potravin. Těmito typickými příznaky se celiakie projevuje zejména u dětí, u dospělých nemusí být tak patrné a jsou často přisuzovány nezdravému způsobu stravování.
Střevo pozvolna ztrácí schopnost vstřebávání důležitých živin, vitamínů i minerálních látek, což vyvolává celou řadu dalších příznaků. Nedostatek živin se u dětí projeví zastavením přírůstku váhy a v pozdější fázi i zpomaleným růstem či pozdějším nástupem puberty. Nedostatečný příjem železa je spojený s propuknutím anémie. Snížené množství červených krvinek nedokáže dostatečně zásobovat veškeré tkáně a orgány kyslíkem, což se projevuje slabostí a únavou. Na první pohled je patrná bledost kůže, sliznic i lůžek nehtů. Anémie se projevuje i na psychice pacienta, kdy se dostavuje porucha koncentrace, mrzutost či naopak apatie.
V klcích tenkého střeva se nachází enzym zvaný laktáza, s jehož pomocí dochází ke štěpení mléčných cukrů na laktózu. Tyto enzymy jsou citlivé na jakékoliv změny ve střevu a proto společně s celiakií často přichází i nesnášenlivost mléčných výrobků. Nedostatek vápníků může způsobit osteoporózu, což je nenápadné řídnutí kostí. Osteoporóza se viditelně projeví většinou až ve chvíli kdy je obtížné stav kostí změnit. Vápník je potřebný i pro funkci svalů a jeho nedostatek může mít za následek nepříjemné křeče a bolesti.
Příznaky celiakie mohou mít i nespecifický charakter a na souvislost s touto nemocí se přijde náhodně. Mezi tyto symptomy se řadí časté záněty v ústní dutině (afty), kožní potíže v podobě častého pálení, otoků, ekzémů či chronické kopřivky. U žen se poté může projevovat poruchou plodnosti a to jak neschopností početí, tak i tendencí k potratu.