Jelikož je celiakie způsobena autoimunitní reakcí organismu na přítomnost lepku, je v současnosti jedinou účinnou léčbou nasazení bezlepkové diety. Jistou naději pro spíše vzdálenější budoucnost přineslo oznámení výzkumu tzv. enzymatické terapie. Jeho základem je enzym, jenž umí lepek rozložit na látky, které již organismus nedokáže rozpoznat a vyvolat následnou zánětlivou reakci. Avšak tato metoda je stále v počátcích bádaní, proto její uvedení do praktického života nelze v brzké době očekávat.
Bezlepková dieta, ač obsahuje slovo, pod kterým si mnozí představují způsob, jak se zbavit přebytečných kil, je plnohodnotnou stravou, jenž zajistí vašemu tělu všechny potřebné živiny. Jediným omezením, a to poměrně markantním je omezený výběr surovin, což značně komplikuje i stravování mimo domov. V posledních letech se však naštěstí sortiment vhodných výrobků značně rozrost a krom specializovaných prodejen se zdravou výživou je nabízí i větší markety. A čeho by se tedy člověk měl vyvarovat při nákupu pro bezlepkovou dietu? Celkem logicky se musí vzdát všech výrobků obsahující pšenici, ječmen, žito a oves. Krom mouky a pečiva to však je i celá řada výrobků, u nichž to není na první pohled patrné. V celé řadě výrobků je totiž lepek používán pro zvýraznění chuti, jako emulgátor, stabilizátor či zahušťovadlo. Tím se na seznam zakázaných potravin dostávají i naprosto nevinně vyhlížející kousky jako je zmrzlina, žvýkačky, kečup, sójová omáčka, některé uzeniny, paštiky, koření a alkohol. Jako vhodnou náhradou mohou být použity obiloviny bez obsahu lepku, tedy kukuřice, rýže, pohanka či amarant. Právě z nich je vyráběna i mouka pro tuto dietu a krom přípravy z jednotlivých surovin jsou k dostání i jejich směsi, které se chuťově blíží ke klasické pšeničné mouce. Z dalších ingrediencí je samozřejmě vhodné maso, ovoce, zelenina či luštěniny.
Po nasazení bezlepkové diety začne ustupovat zánět sliznice tenkého střeva a zpravidla do několika měsíců dojde k jejímu plnému uzdravení. V této první fázi diety je povětšinou doporučováno vynechat či omezit i potraviny, které sice lepek neobsahují, ale působí dráždivě na trávicí trakt. Mezi ně se řadí ostré koření, tučná jídla, káva a hlavně mléko. Po uzdravení sliznic samozřejmě ustoupí i všechny nežádoucí příznaky celiakie, což může vyvolat dojem, že došlo k uzdravení a již není nutné dietu dodržovat. Což je ale omyl, bezlepková dieta se musí dodržovat celoživotně a přísně na ni lpět. Při jejím porušení jsou projevy poměrně individuální. U někoho se příznaky onemocnění mohou opětovně dostavit během krátké doby, u jiného to může trvat několik let. Avšak i při zdánlivě bezpříznakovém období rapidně roste pravděpodobnost propuknutí vážných komplikací celiakii doprovázejících, nejčastěji v podobě maligních lymfomů a karcinomů zažívacího traktu.