Někdy je alergie na lepek považována za stejné onemocnění jako celiakie, což je samozřejmě milné přesvědčení. Sice mají tyto nemoci stejný způsob léčby, tedy nasazení bezlepkové diety, avšak ve své podstatě se jedná o naprosto odlišné choroby. Celiakie je vyvolána reakcí imunitního systému na přítomnost lepku v tenkém střevu. To způsobuje zánětlivou reakci, při níž dochází k zániku klků. Ty slouží k vstřebávání živin, vitamínů a minerálů a jejich nepřítomnost se projeví ztrátou schopnosti trávit požitou potravu. Celiakie potřebuje přibližně půl roku, než se projeví, právě proto se u dětí objevuje mezi prvním a druhým rokem po té co kolem sedmého měsíce začali konzumovat suroviny s lepkem.
Alergie na lepek se řadí mezi potravinové alergie, kdy jsou obtíže v podobě nevolnosti, křečí, nadýmání, průjmu a únavy způsobené neschopností organismu lepek zpracovat. Nedochází při ni k žádnému poškození sliznice střev a účinek se dostavuje okamžitě či do několika hodin po požití potraviny s alergenem. Sice stejně jako u celiakie je nutné nasadit bezlepkovou dietu, ovšem není potřeba ji dodržovat tak tvrdě. U alergie je povětšinou možné jisté množství lepku konzumovat. Dalším zásadním rozdílem je možnost vymizení alergie na lepek.